Los equipos de ultrasonidos emiten ondas sonoras de alta frecuencia que se transmiten a través del agua. Estas ondas provocan la ruptura de estructuras celulares de las algas y ciertos microorganismos, como vacuolas, paredes celulares y vesículas de gas, especialmente en algas verde-azuladas, impidiendo su proliferación. Además, el tratamiento ultrasónico puede reducir la biomasa algal y mejorar parámetros relacionados con la calidad del agua, como la concentración de sólidos en suspensión y la presencia de clorofila-a, que es un indicador de microalgas.